دانیل هاگاری، سخنگوی ارتش اسرائیل گفته بود این بیمارستان که مخارج آن از طریق کمک‌های خیریه اندونزی تأمین شده، روی تونل‌های زیرزمینی متعلق به گروه حماس ساخته شده است. او همچنین گفته بود که حماس از نقطه‌ای نزدیک به این بیمارستان موشک‌هایی به سوی اسرائیل شلیک کرده است. وزارت خارجه اندونزی سه‌شنبه ۷ نوامبر (۱۶ آبان) در واکنش به این اتهام اعلام کرد بیمارستان اندونزیایی در غزه، تأسیساتی است که اندونزیایی‌ها “فقط برای اهداف بشردوستانه و برای رفع نیاز‌های پزشکی مردم فلسطینی در غزه ساخته‌اند”.